В структурата на Министерството на земеделието и храните влизат 6 направления - селско стопанство, ветеринарно дело, гори, лов и рибарство, води и държавни имоти.

Министерството на земеделието и храните има право да налага задължителни ограничения при ползване на земеделските земи при установяване на:
 

1. увреждане на земеделски земи;

2. несъответствие на произвежданата растителна или животинска продукция с хигиенните норми;

3. влошаване на екологичните функции на почвената покривка и качеството на повърхностните и подпочвените води;

4. други случаи, предвидени със закона.
 

Задължителните ограничения при ползване на земеделските земи се налагат по предложение на областните дирекции "Земеделие" или структурните звена към Министерството на земеделието и храните, както и по предложение на съответните структурни звена на Министерството на здравеопазването, Министерството на околната среда и кмета на съответната община.

Устройствен правилник на Министерството на земеделието, храните и горите
Обн. ДВ бр. 82 от 2019 г. , изм. ДВ бр. 103 от 2020 г. , изм. ДВ бр. 34 от 2022 г.